Die Gegend war schon zur Jungsteinzeit vor ca. 7.000 Jahren besiedelt, wie Ausgrabungen im Ortsteil Untergaiching belegen. Die erste urkundliche Erwähnung taucht in der Zeit von 875 - 899 unter Bischof Engilmar auf, wo erstmals der Name "Pharrachiricha" erwähnt wird. 1262 ging der Ort, zusammen mit der Burg Reichenberg (Sitz des Vitztumamtes "an der Rott"), in den Besitz der Wittelsbacher über, die ihn 1317 mit Marktrechten versahen. 1862 wurde Pfarrkirchen zur Stadt erhoben und ist seit der Gebietsreform 1972 Verwaltungssitz des Landkreises Rottal-Inn.