Pfarrkirchen liegt im Herzen Niederbayerns im sogenannten Tertiärhügelland.
Reich verzweigte Fluss- und Bachtäler gliedern das Land in zahlreiche Anhöhen.

Die Rott durchfließt von West nach Ost die Region und teilt das Land in zwei fast gleich große Flächen. Im Süden prägt der Inn das Land. Hier hat der im Engadin (Schweiz) entspringende Fluss langgestreckte Täler in die Gegend geschliffen. Es entstand schließlich die einzigartige Flussauenlandschaft "Unterer Inn", welche heute der artenreichste Lebensraum für Wasservögel im mitteleuropäischen Binnenland ist.